Aveva solo 4 anni quando sua madre Cristina assunse la reggenza in seguito alla morte del padre. Assunse il governo
al compimento del quattordicesimo anno di età, nel 1648, anche se di fatto il potere rimase nelle mani della duchessa
ancora per ben 15 anni.
Il suo fu un breve governo, poco più di 12 anni, in cui però riuscì ad imprimere una svolta decisiva allo stato
sabaudo introducendo fondamentali cambiamenti ed innovazioni.
Dovette sin da subito rinunciare alle sue mire espansionistiche. Sia la guerra contro Ginevra che quella contro Genova
furono stroncate sul nascere, ed in entrambi i casi il duca fu costretto ben presto a negoziare la pace, tramite la
mediazione della Francia.
Le sue imprese più efficaci riguardano in particolare il risanamento finanziario e lo sviluppo di commercio ed
imprenditoria, grazie anche all'opera del suo fidato consigliere Giovanni Battista Truchi.
Di umili origini, il Truchi seppe farsi strada grazie alle sue competenze e capacità. Accanto alla carriera negli
uffici pubblici sino a diventare ministro e poi presidente del consiglio delle Finanze, raggiunse i ranghi nobiliari
conseguendo nel 1672 il titolo di barone, diventando conte una decina di anno dopo.
Per migliorare la situazione finanziaria venne proibito l'accumulo delle cariche e vennero riviste tutte le esenzioni
tributarie in corso. Tramite appositi ispettori del duca venne controllato l'intero territorio valutando attentamente
le zone che, ad esempio in seguito a calamità naturali, avessero reale necessità temporanea di sgravi fiscali.
Per favorire lo sviluppo del commercio il duca cercò di incrementare la produzione e favorire le imprese e le
esportazioni.
Anche in questo caso furono inviati emissari del duca in tutto il territorio che fecero un preciso censimento di tutte
le cave e miniere. Fu anche incentivata la ricerca di nuovi giacimenti che creavano nuove fonti di reddito con il
lavoro nelle cave e la successiva trasformazione del prodotto.
Furono ridotte le imposte sulle esportazioni dei manufatti e si fece di tutto per incrementare il traffico di merci
attraverso i valichi della regione.
Più difficile fu favorire le possibilità di credito e finanziamento per l'avvio delle imprese, tanto che a Torino
il primo grande istituto di credito, il Monte di San Giovanni, fu fondato solo nel 1681 sotto la reggenza di
Giovanna Battista di Savoia.
La lavorazione della seta acquistò una notevole importanza e nacquero filatoi un po' ovunque. Si cercò di favorire
una certa qualità, non solo quantità, della produzione, grazie alle periodiche visite di appositi controllori, che
svolgevano anche un positivo ruolo di consiglieri ed istruttori.
Il regno di Carlo Emanuele II fu dunque molto positivo. Egli morì nel giugno del 1675. In nome del figlio di soli
9 anni assunse la reggenza sua moglie, Maria Giovanna Battista, la seconda "Madama Reale".
Durante la sua reggenza, caratterizzata da un comportamento piuttosto libertino e spregiudicato, ella proseguì
alcuni progetti iniziati dal marito. Ricordiamo in particolare la realizzazione della Accademia Militare,
fondata nel 1677, aperta a nobili piemontesi e stranieri per la formazione degli ufficiali.