Un importante strumento per la lotta contro l'eresia fu l'istituzione del Tribunale dell'Inquisizione, il Santo Uffizio,
sancito dalla Chiesa con una serie di concili verso il 1230.
Poco per volta i tribunali dell'Inquisizione cominciarono ad affermarsi in Italia ed in Europa; nel Piemonte verso la metà
del XIII secolo. I giudici erano in prevalenza francescani e domenicani.
Fra le categorie degli inquisiti vi furono i Templari, gravemente perseguiti in tutta Europa. In Piemonte, invece, le azioni
repressive contro di essi furono assai limitate, in quanto godevano dell'appoggio e sostegno dei nobili locali, come i Savoia.
Altra categoria gravemente perseguita è quella delle streghe. Le donne accusate venivano puntualmente e brutalmente torturate
per farle confessare, e subito dopo arse sul rogo per annientare il male e dare il buon esempio.
Si arrivò spesso a casi assurdi, come quello della repressione contro gli eretici di Chieri. Alcuni di essi, già morti e sepolti,
vennero condannati comunque al rogo: i loro cadaveri furono dunque esumati e successivamente le loro ossa vennero pubblicamente
bruciate a titolo di esempio.
In molti casi, però, l'attività repressiva del tribunale provocò una dura reazione della popolazione locale, tale da causare
l'uccisione, da parte della folla, dello stesso inquisitore. Fu la sorte che toccò, ad esempio, a padre Pietro da Ruffia a Susa
nel 1365 ed a Antonio Pavano a Bricherasio nel 1374.